1990年代末的臺灣，充斥著各種性別主體的聲音，同志人權的問題也逐漸浮現。1997年，任職婦女新知基金會主任多年的王蘋，與工作人員主張關注同志議題，但是董事會中資深的婦運人士卻持反對意見，接著他們又在廢娼議題上有著截然不同的看法，最後導致雙方和諧相處的局勢破裂。王蘋自稱「由於所堅持的理念與運動策略和主流婦運呈現極端差異之下，我們被逐出團體」，當時稱為「新知家變」，震撼婦運界，造成婦女運動路線差異的白熱化。
1998年，因「臺北市廢娼事件」，王蘋與女工團結生產線的王芳萍，及中央大學性／別研究室的學者何春蕤，極力爲公娼爭取性工作權。與力主廢娼的婦女救援會、女學會的學者黃淑玲、林芳玫，對性、性工作、性產業的看法，雙方發生攻擊性的尖銳辯論，導致婦運團體正式分裂為「婦權派」與「性權派」兩條女性主義路線。
王蘋離開了婦女新知之後，她的心情很低落，但是對於社會運動的熱情依舊不減。1999年5月9日，她集聚一群相同理念的夥伴，共同籌組了臺灣性別人權協會，持續關切性別弱勢或性別少數的權益，為臺灣的邊緣弱勢性別議題，創造出一片天地。
王蘋帶領臺灣性別人權協會拼命爭取同志、性工作者的權益，在2002年11月18日，以貢獻良多的社會運動者身分，獲得臺北市榮譽市民獎。當年自稱被主流婦運團體逐出的王蘋，短短幾年內，也開創出另一片性別運動特有的天地。
