高雄醫學大學性別研究所的創立，並非偶然。早於1992年，在謝臥龍、王秀紅兩位教授以及駱慧文老師的積極努力下，高雄醫學院便成立了南臺灣第一個「兩性研究中心」，並大量購買有關性別教育的研究書籍，為往後的性別研究所奠定了設立基礎。
2000年時，謝臥龍教授接受高雄師範大學的邀請，為該校籌畫性別教育研究所。這也加速了高雄醫學大學設立性別研究所的決心，在王秀紅教授的奔走下，繼高雄師範大學性別教育研究所成立後。2001年，高雄醫學大學也設立性別研究所。在以醫學教育為主的醫療體系中，成立性別研究所似乎有點突兀，不過性別研究原本就涵蓋各種學科知識，是一門科技整合的研究領域。因此，高雄醫學大學性別研究所，便以醫療作為研究的起點，發展出性別社會學、性別與醫療、性別醫療史以及男性研究等研究方向。
高雄醫學大學性別研究所的教學目標，在於提升南臺灣性別意識，並期望在醫療環境中培養醫護人員性別平等概念，藉以創造一個具備性別敏感度的醫療文化。此外，透過與高雄師範大學性別教育研究所的合作，兩校學生可以跨校選課，讓性別研究的課程更豐富多元，這種相互合作的教學理念，相信可以讓南臺灣的性別研究資源更加整合，進而成為臺灣性別研究的重鎮
