自1970年代，臺灣引進西方第二波女權運動以降，在女性主義的洗禮下，各個學科領域的性別研究，不僅逐步開展且迅速累積，這股思潮也伴隨著臺灣社會的變遷脈動，而不斷地更迭演進。在全球性別平權的議題下，婦女與性別研究隱然成為當代人文社會科學中重要的研究領域。此從坊間關於女性主義的書籍汗牛充棟，各式民間婦女團體紛紛創建，校園內兩性平等教育的積極推廣，學院內性別研究機構之成立，以及在政府部門中相關單位的設置等，在在顯示出臺灣各界對於婦女權益的重視與關切，以及對性別平權的推動與努力。
在北美及西歐的著名大學中，普遍設有性別研究所及相關學程，亞洲國家中的南韓，也設有婦女研究博士班。然而，在性別平權意識高漲的臺灣卻未產生專屬的性別研究學術機構。在各界翹首期盼與積極奔走下，臺灣第一個以性別研究為取向的性別教育研究所，終於在2000年誕生於高雄師範大學，由謝臥龍擔任創所所長。
一般社會大眾，對師範體系不免心存保守、封閉、傳統的刻板印象。因而，前衛的性別研究在高雄師範大學設立時，不免引起眾人的側目與誤解，甚而被視為妖孽。此外，性別研究乃是跨越各種學科的特殊學門，因此在課程設計與實際操作中也產生各式問題，這也說明了性別研究，在學科化後推動初期的艱困。
然而，性別平等教育在臺灣社會推動的過程中，學校教育是不可或缺的重要環節，因此肩負培育中小學師資人才的師範院校，更是責任重大。高雄師範大學性別教育研究所，便以培養本土性別教育之師資與專業實務工作者，茲以推動與落實性別教育相關工作，為其設立的宗旨。
同時，高雄師範大學性別教育研究所，不僅是全國，也是全亞洲第一個，從事性別平等教育專業師資，與實務工作者養成之高等學術研究單位;。因此，課程設計以課程與教學、心理與諮商、性別與社會、性別與文化為主要方向；研究取向則以性別教育理論作為基礎，並與臺灣社會中的性別現象加以聯結。此外，不定期舉辦性別教育的系列演講，與學術研討會，顯示理論與實際的相互結合。
